但是学校不允许从高二开始就废除学籍，请问这样的行为是否合法？

学校不允许废除学籍的行为合法。从法律角度看，学籍是学生在校学习资格的法定证明，学校有权根据教育法规管理学生的学籍。若学校明确反对废除学籍，这是维护正常教育秩序的表现。若学校拒绝合理休学申请或学籍管理出现严重混乱，表明问题严重，应及时咨询教育部门或法律专业人士。
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从法律角度，针对此问题在不同情况下的处理方式具体操作如下：1）若因健康问题需休学，应提供医院证明，与学校沟通并申请休学，同时确认学籍保留至复学；2）若学校无理拒绝休学申请，可查阅《中华人民共和国教育法》及地方教育部门的相关规定，确保自身申请符合法规；3）沟通无果后，向上一级教育部门提交书面投诉，详细说明情况并附上相关证据；4）若投诉未能解决问题，可考虑寻求法律援助，通过法律途径维护自身合法权益。在整个过程中，保留好所有相关证据和文件，以备不时之需。
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从法律角度，处理此类问题的常见方式包括：1）与学校管理层沟通，了解拒绝废除学籍的具体原因，并寻求解决方案；2）查阅相关法律法规及教育部门的规定，确认自身权益；3）若沟通无果，可向教育部门投诉或寻求法律援助。选择时，应优先考虑沟通解决，若无效则逐步升级至法律途径。